Cehennemden farksız Panama cezaevi Sona'dan kaçmayı başaran kardeşler MICHAEL SCOFIELD (Wentworth Miller) ve LINCOLN BURROWS (Dominic Purcell), hayatlarını mahveden Şirket adındaki karanlık örgüt karşısında adaletin peşindedirler. Şirket, Michael'ın sevdiği kadın DR. SARA TANCREDI'nin (Sarah Wayne Callies) ölümünden de sorumludur.
İntikam peşinde koşan Michael, kendini Los Angeles'ta bulur. Orada Şirket ajanı GRETCHEN / SUSAN B. ANTHONY'nin (Jodi Lyn O'Keefe) Sara'nın hâlâ hayatta olduğunu söylemesi üzerine dünyası alt üst olacaktır. Gerçekten özgür kalabilmek için ne yapmaları gerektiğini fark eden Michael ve Lincoln, Sara'yı bulmaya ve örgütün kara kaplı defterini çalarak Şirket'i çökertmeye karar verirler. İç Güvenlik Bakanlığı ajanı DON SELF'in (Michael Rapaport) de yardımlarıyla bu görevi yerine getirmek üzere tanıdık yüzleri bir araya toplarlar: MAHONE (William Fichtner), SUCRE (Amaury Nolasco), BELLICK (Wade Williams) ve bilgisayar uzmanı ROLAND GLENN (James Hiroyuki Liao).
Ne yazık ki kardeşlerin bir yandan da Şirket'in tetikçisi WYATT'tan (Cress Williams) kaçmaları ve serbest kalan T-BAG'i (Robert Knepper) bulmaları gerekmektedir. Önlerindeki en büyük zorluğu aşmalarında onlara yardım edecek hayatî ipuçları, bunun henüz farkında olmayan T-BAG'in elindedir. Michael ve Lincoln, çok geçmeden bir binadan kaçmaktan daha zor olan tek şeyin, bir binaya girmek olduğunu göreceklerdir.